לכל מוצר המיובא לישראל נקבע פרט מכס המשפיע על שיעור המס ועל האישורים הנדרשים ליבואו. מחלוקות סיווג מתעוררות כאשר המכס והיבואן חלוקים לגבי הפרט המתאים, במיוחד כשמדובר במוצרים חדשים שהדין טרם התייחס אליהם במפורש.
מסי יבוא רבים מחושבים כאחוז משווי המוצר. מחלוקות מתעוררות בשאלה אם לקבל את המחיר המוצהר בחשבונית ואם להוסיף לו תשלומים כגון תמלוגים ועמלות. הסוגייה נפוצה גם ביבוא אישי של כלי רכב.
הסכמי הסחר של ישראל מאפשרים הטבות מכס למוצרים העומדים בכללי מקור. לא די בכך שמוצר נשלח ממדינת ההסכם: יש להוכיח את מקורו במסמכים מתאימים. פסילת המסמכים בידי המכס עלולה להוביל לדרישת חוב גם בגין יבוא קודם.
יבוא מוצרים עשוי להיות מותנה באישורים ממשרדי ממשלה ובעמידה בדרישות נוספות, כגון סימון. היעדר אישור או מסמך עלול לעכב משלוח במכס, להוביל להליכי אכיפה ואף להחרמתו. המשרד מסייע גם בשחרור חבילות המגיעות בדואר ובבלדרות.
המכס מוסמך לתפוס טובין, בין היתר כאשר נוסע עובר במסלול הירוק בלי להצהיר על פריט החייב בהצהרה. תפיסות מתרחשות גם ביבוא מסחרי, למשל בעקבות פריטים שלא הוצהרו, הצהרה כוזבת או היעדר אישורי יבוא.
הזמנת חבילות רבות בעלות תכולה דומה עשויה להביא את המכס לקבוע שמדובר ביבוא מסחרי ולא ביבוא אישי. לסיווג זה השלכות על המיסים, על דרישות חוקיות היבוא ועל הליכי האכיפה, לרבות אפשרות לזימון לחקירה.
פטור ממס ביבוא עשוי להיות מותנה בעמידה בתנאים לאחר השחרור. כך, למשל, המס על מונית נמוך משמעותית מהמס על רכב פרטי. אם ביקורת מכס מגלה שהתנאים לא קוימו, המכס עשוי לשלול את הפטור בדיעבד ולדרוש את המס.
כאשר חומרי גלם שיובאו לישראל משמשים לייצור מוצרים ליצוא, ניתן בתנאים מסוימים לקבל בחזרה מסי יבוא ששולמו עליהם. החזר זה, המכונה הישבון, עשוי לחול גם על מוצר שיובא ולאחר מכן יוצא לחו"ל ללא שינוי.
על פי החוק, המכס מוסמך לבצע ביקורת ולדרוש חוב באופן רטרואקטיבי בגין יבוא שבוצע כמה שנים קודם לכן. הסיבות לדרישת החוב יכולות להיות סיווג, הערכה, כללי מקור, הפרה של תנאי פטור מותנה או סיבות נוספות.
התחשבנות בין סוכני מכס, משלחים, פרילנסרים ויבואנים
מחלוקות כספיות מתעוררות לעיתים בין חברות שילוח וסוכני מכס לבין פרילנסרים המביאים לקוחות, במיוחד עם סיום ההתקשרות. מחלוקות נוספות נוגעות לחיובים של יבואנים בידי משלחים וסוכני מכס, כגון אחסנה, השהייה וחיובים נלווים.
תלונה על יבוא בהיצף הפוגע בתעשייה המקומית עשויה להוביל לחקירה ולהטלת היטל על המוצרים המיובאים. המשרד מייצג בהליכים אלה יצרנים מקומיים המבקשים הגנה מפני היצף, וכן יבואנים העלולים להיפגע מהטלת ההיטל.
מס קנייה חל על יבוא ועל ייצור מקומי של מוצרים מסוימים, בהם רכב, אלכוהול וטבק. בייצור מקומי עשויות להתעורר מחלוקות על סיווג המוצר או על המחיר הסיטוני המשמש לחישוב המס, ואף להתקבל שומה מרשות המסים.
בלו מוטל על דלק ועל חומרים המשמשים כתחליפי דלק, ובהם שמנים מסוימים. בשימושים תעשייתיים מסוימים ניתן לקבל פטור. המשרד מסייע בבחינת החבות והזכאות לפטור ובהגשת בקשות לרשות המסים.
בעקבות הפרות תקינה עשוי משרד הכלכלה להגדיר יבואן כ״מפר אמון״, באופן השולל ממנו הקלות ומכפיף אותו לבדיקות ולפיקוח נרחבים יותר. המשרד מייצג יבואנים בהליכי שימוע בכתב ובעל פה לפני קבלת ההחלטה.
בשנים האחרונות התגברה האכיפה האזרחית של המשרד להגנת הסביבה, המוסמך להטיל עיצומים כספיים בגין הפרות של חוקים סביבתיים שונים. המשרד מייצג בהליכי הטלת עיצומים אלה, כגון עיצומים מכוח החוק להסדרת הטיפול באריזות או החוק לסילוק ולמיחזור צמיגים.
שירותים משפטיים נוספים
המשרד מעניק שירותי נוטריון, לרבות אימות חתימה, צוואה בפני נוטריון לפי חוק הירושה, אישור יציאת קטין לחו"ל ללא הוריו, אישור תרגום, אישור העתק של מסמך ועוד.
המשרד מעניק שירותי עריכת ייפוי כוח מתמשך – מסמך המאפשר לאדם לקבוע מראש מי יטפל בענייניו וכיצד, אם בעתיד לא יהיה מסוגל לקבל או לבצע החלטות בעניינים אלה בעצמו.